旷工三天自动离职却不发工资，其法律依据主要来自《中华人民共和国劳动合同法》。根据该法第三十条，用人单位须按合同约定和国家规定，及时足额支付劳动报酬。即便员工旷工，公司也应支付其实际工作期间的工资。若公司以“旷工三天自动离职”为由拒发工资，必须提供合法有效的规章制度作为依据，且该制度需经民主程序制定，并已向员工公示或告知。若公司无法提供或制度不合法，拒发工资的行为即属违法拖欠，员工可依法申请劳动仲裁或向劳动监察部门投诉。综上，只要员工实际提供了劳动，公司拒发工资就违反劳动法相关规定，员工有权主张支付工资。
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处理旷工三天被拒发工资的问题时，以下特殊情况可能影响案件结果：
1. 公司规章制度是否合法有效：若公司有旷工三天视为自动离职的规定，但制度未通过民主程序制定，也未向员工公示或告知，则该制度无效，公司据此拒发工资可能构成违法拖欠。
2. 员工是否确有旷工事实：若员工虽未上班，但能提供证据证明存在正当理由（如突发疾病、不可抗力等），则不能认定为旷工，公司拒发工资将缺乏依据。
3. 是否存在其他劳动争议：如员工在职期间存在其他争议（如未完成交接、需承担经济赔偿等），公司可能以此为由拒发工资，但依据法律，工资应独立支付，不得与争议事项捆绑处理。
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旷工三天自动离职，公司不发工资是不合法的。根据法律规定，即使员工旷工离职，用人单位也应支付其实际工作时间的工资。具体情况可能如下：
1. 若公司有合法制度规定旷工达到一定天数可视为自动离职，且已明确告知员工，公司有权据此解除劳动关系，但仍需支付实际工作期间的工资。
2. 若公司无明确规章制度或未依法履行告知义务，其以旷工为由拒绝支付工资的行为属于违法拖欠工资。
3. 若员工确有旷工行为但未达到公司制度中“自动离职”的标准，公司以此为由拒发工资，属于违法解除劳动关系，员工可主张经济赔偿。
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旷工三天自动离职被拒发工资，可能面临以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若错过时效，将失去法律保护的机会。例如，某员工2024年3月被拒发工资，若2025年4月后才申请仲裁，可能因超时效不被受理。
2. 证据链断裂风险：如员工未保留工资条、考勤记录等关键证据，可能导致仲裁或诉讼中无法证明实际工作时间及工资拖欠事实，从而败诉。例如，某员工离职后未保存银行工资流水，公司否认其在职期间的应发工资金额，最终仲裁委未支持其请求。

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