针对您起诉劳动局撤销2000年劳动关系确认通知书的时限问题，核心法律依据为《行政诉讼法》关于起诉期限的规定。
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。”您的案件属于“其他案件”，2000年劳动局作出通知书，至今已超20年（远超5年最长保护期），但需结合您知晓时间判断：若上上月才知晓，虽6个月内可起诉，但因超20年最长保护期，法院大概率不予受理；若2000年已知晓，6个月内未起诉则已丧失权利。综上，您的起诉大概率因超最长保护期被驳回。
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针对您起诉劳动局撤销2000年劳动关系确认通知书的问题，可能存在以下法律风险：
1. 起诉期限超期风险：若您上上月知晓通知书后未在6个月内起诉，或2000年至今已超20年最长保护期，法院将裁定不予受理或驳回起诉，您将丧失通过诉讼撤销通知书的权利。例如：您上上月（2024年5月）查档案知晓通知书，若2024年11月后才起诉，即超6个月短期期限，法院会直接驳回。
2. 实体败诉风险：即使期限合法，若您无法提供2000年前后与单位存在劳动关系的证据（如工资发放记录、劳动合同），法院可能认定劳动局的通知书内容正确，判决驳回您的诉讼请求。例如：您仅口头主张存在劳动关系，但无任何书面证据，法院会支持劳动局的行政行为。
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针对您起诉劳动局撤销2000年劳动关系确认通知书的问题，可能存在以下特殊情况影响处理：
1. 存在不可抗力或正当理由导致逾期：若2000年至今您因重病、被限制人身自由等不可抗力，或劳动局故意隐瞒通知书导致您无法知晓，可向法院申请延长起诉期限。例如：您2000年至2023年因精神疾病住院，无法行使诉讼权利，法院可能认可该理由并受理案件。
2. 劳动局的通知书存在程序违法：若通知书未依法送达给您（如未邮寄、未公告），导致您无法及时知晓，法院可能认定起诉期限未起算。例如：劳动局2000年作出通知书后未送达，仅存入档案，您上上月才发现，法院可能支持您的起诉。
3. 劳动关系确认存在新证据：若您近期发现2000年的劳动合同原件、单位盖章的工作证明等新证据，可增强实体胜诉概率，即使期限存在争议，法院也可能优先审查实体问题。
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您咨询的“起诉劳动局撤销2000年劳动关系确认通知书是否有时限”问题，关键在于行政诉讼的起诉期限规定。以下为您分情况说明：
起诉劳动局撤销2000年劳动关系确认通知书存在起诉期限限制。

1. 若您在2000年收到该通知书时已知晓内容：起诉期限为自收到通知书之日起6个月内，逾期则丧失起诉权。
2. 若您直至上上月查档案时才首次知晓该通知书：起诉期限为自知道或应当知道该行政行为内容之日起6个月内，但自行政行为作出之日（2000年）起超过20年的，法院不予受理。
3. 若您知道行政行为存在但不知具体内容，且未超过20年最长保护期：可自知道内容之日起6个月内起诉。

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